• Kári í jötunmóð. Saga Íslenskrar erfðagreiningar og Kára Stefánssonar (Reykjavík: Nýja bókafélagið, 1999).
• Völundarhús valdsins. Stjórnarmyndanir, stjórnarslit og staða forseta Íslands í embættistíð Kristjáns Eldjárns, 1968-1980 (Reykjavík: Mál og menning, 2005).
• Óvinir ríkisins. Ógnir og innra öryggi í kalda stríðinu á Íslandi (Reykjavík: Mál og menning, 2006).
• Þorskastríðin þrjú. Saga landhelgismálsins 1948-1976 (Reykjavík: Hafréttarstofnun Íslands, 2006).
• Hrunið. Ísland á barmi gjaldþrots og upplausnar (Reykjavík: JPV, 2009)
• Gunnar Thoroddsen. Ævisaga. (Reykjavík: JPV, 2010)

Guðni đã biên soạn 4 quyển sách của Stephen King sang tiếng Iceland.[6]